Aus dem Jahr 765 (!) ist die erste Erwähnung einer Kirche an diesem Ort datiert. Nach dieser Urkunde trägt die Kirche in Flomersheim allerdings den Namen des heiligen Gorgonius. Der Legende nach war Gorgonius ein römischer Soldat, der sich zum christlichen Glauben bekehrte und dann während der Christenverfolgungen durch den römischen Kaiser Diokletian den Märtyrertod erlitt.

Im 15. Jahrhundertist die Kirche zum ersten Mal als 'Stephanuskirche' bezeugt. Wann der Namenswechsel eingetreten ist, lässt sich nicht mehr genau feststellen. Möglicherweise hing dieser mit einem Neubau der Kirche zusammen.

Stephanus ist in der Bibel der erste Märtyrer, der wegen seines mutigen Bekenntnisses zu Jesus Christus vor den Toren Jerusalems gesteinigt wurde (Apg 6-7). Die Steinigungsszene ist in einem Relief rechts vom Kircheneingang dargestellt. Dieses Relief des Frankenthaler Künstlers Perron wurde nach dem 2. Weltkrieg angebracht. Mit beiden Namen wird das mutige Bekenntnis zu Jesus Christus in den Mittelpunkt der Botschaft gestellt.